子宫输卵管通水检查的方法虽然应用广泛，但其误诊率较高。由于整个通水检查的过程都需要医生依靠主观感觉进行手动操作，所以，此方法造成假性诊断的几率较高。此外，被检查者在做检查时的紧张情绪也会影响输卵管通水检查的结果。
可破坏输卵管的功能很多慢性妇科炎症都可导致输卵管黏膜发生粘连，进行输卵管通水检查虽然对由输卵管黏膜粘连所引起的输卵管阻塞有一定的治疗作用，但对于输卵管黏膜粘连较严重的被检查者来说，反复进行输卵管通水检查可导致许多不良的后果。在进行输卵管通水检查时，所用的注射液会将粘连部位的病菌带入盆腔，引起炎症扩散，以致出现更严重的后果。反复进行输卵管通水检查可破坏输卵管自身的蠕动功能和输卵管管壁纤毛的摆动功能，从而影响受精卵的着床，降低被检查者受孕的几率。